Большинство ученых убеждены, что Алопеция Ареата является заболеванием автоиммунной системы. Результатом нарушения иммунной системы становится автоиммуннитет. На самом деле иммунная система каждого человека производит разные клетки для борьбы с болезнями и инфекциями - лимфоциты, моноциты, макрофаги и другие клетки, каждая из которых играет различную роль в борьбе с инфекцией. В борьбе с «нарушителями» клетки иммунной системы должны быть уверены, что точно определят бактерии (или что либо другое) как чужое, инородное тело, а не как часть человеческого организма. Это происходит благодаря возможности распознать структуры, называемые антигенами (антигенами обычно бывают протеины), находящиеся на поверхности «нарушителей». Каждый организм имеет уникальный набор различных антигенов и иммунная система полностью может распознать все антигены с различными типами иммунных клеток и их клонов (клон – последователь клетки, появившийся во время вегетативного размножения). Taк что Алопеция Ареата в данном случае расценивается как автоиммунная болезнь, при которой волосяные фолликулы в Анаген фазе ошибочно атакуются клетками иммунной системы. Основная идея такого клинического состояния состоит в том, что затронутые Алопеция Ареата волосяные фолликулы после атаки клеток иммунной системы вынужденно оставляют Анаген фазу, вступают в Катаген и затем сразу в Телоген / Экзоген фазы. Это обуславливает выпадение волос на определенном участке скальпа, который вначале обычно выглядит как очаг. В дальнейшем такой очаг распространяется в виде волны. Волосяные фолликулы могут опять вернуться в фазу следующего Анагена, но после атаки клеток иммунной системы волосяные фолликулы производят уже слабые и изменённые волосы. Такие волосяные фолликулы характеризуются как дистрофические фолликулы Анаген фазы. Повреждённые волосяные фолликулы могут продолжать варьировать между разными по своей продолжительности циклами формирования – между Анаген и Телоген фазами. На самом деле до сих пор не установлено, что конкретно влияет, активирует и провоцирует появление Алопеции Ареата. Существует несколько предположений, которые могут влиять на появление Алопеции Ареата:

Продолжительный хронический психологический стресс является важным фактором ускорения появления Алопеции Ареата. Установлено, что стресс влияет на людей, которые имеют фактор риска развития Аллопеция Ареата (например, генетическая восприимчивость), при этом факторами риска могут быть внешние раздражители, провоцирующие начало появления очагового облысения.
Шок и неожиданный экстремальный стресс - пережитый шок или неожиданный стресс, в связи с утратой чего-либо (или кого-либо), в первую очередь подталкивает к началу развития Алопеции Ареата. Эмоциональная травма в связи с аварией или утратой близкого человека в большинстве случаев приводит к развитию очагового облысения.
Физическая травма может послужить началом развития Алопеции Ареата, потому что физическая травма стимулирует иммунную систему на борьбу с пережитым ударом (например, в голову), как с инфекцией, и это может сработать как нажатие на потенциальный курок старта для очагового облысения.
Местное повреждение кожи - порез кожи, напр. во время бритья, и прочие царапины на нормальной волосистой части кожи головы могут послужить причиной выпадения волос на этих участках при Алопеции Ареата. Ирония состоит в том, что подобные царапины на коже могут сработать и в противоположном направлении – они могут способствовать временному отрастанию волос в уже повреждённых Аллопеция Ареата зонах. Известно, что повреждения стимулируют волосяные фолликулы немедленно перейти в фазу активного роста Анаген и способствовать активному росту волос вокруг места повреждения.
Генетическая предрасположенность оказывает огромное влияние на выпадение волос в случаях с Алопеция Ареата. Это означает, что часть людей генетически предрасположена к развитию Аллопеции Ареата. Предполагается, что предрасположенность к очаговому облысению является полигенной, то есть существует определенное количество генов, способных стимулировать развитие очагового облысения. В таком случае, началом к очаговому облысению может служить предрасположенность к различным влияниям окружающей среды. Позднее развитие очагового облысения, устойчивость к заболеванию, задержка изменений и улучшение состояния, размеры очагов облысения и т.д. зависят от наличия отдельных генов и их взаимодействия. Генетический фактор семейной наследственности этого заболевания составляет около 30%.
Вирусная / Бактериальная инфекция - часто это заболевание связано с очагами хронической инфекции. Инфекция цитомегаловируса втягивает волосяные фолликулы в начало развития очагового облысения. Иммунодефицитная инфекция является потенциальным включателем развития очагового облысения. Другие вирусные/ бактериальные инфекции могут спровоцировать неправильную реакцию иммунной системы на волосяные фолликулы предрасположенных к этому людей.
Беременность / гормоны - явное отклонение гормонов от нормальной деятельности в период беременности может иногда повлиять на расположенность к очаговому облысению. Чаще всего отмечается начало Алопеции Ареата на последней стадии беременности. Женщины, имеющие очаговое облысение, могут иметь временное отрастание волос до рождения ребенка. В период полового созревания и во время менопаузы тоже может проявляться начало развития очагового облысения или его ремессия.
Aллергии - по статистике люди с Алопецией Ареата и с атопическими формами аллергии (астма, экзема, ринит) могут иметь расположенность к более широкому по объёму и продолжительному выпадению волос.
Увеличение густоты крови - последними исследованиями установлено, что при таком заболевании выявляются реологические нарушения свойств крови (увеличение агрегации эритроцитов всей крови на фоне увеличения густоты серума крови при уменьшении деформации эритроцитов), что позволяет говорить о синдроме увеличения загустения крови. Это тоже может послужить началом к очаговому облысению.
Mинералы/Химикаты - одно из массовых проявлений развития Алопеции Ареата наблюдалось у работников бумажных фабрик, которые продолжительное время имели контакт с химикатами акриламида. Формальдегиды и пестициды тоже потенциально влияют на развитие очагового облысения. По некоторым данным имеется тесная связь между очаговым облысением и препаратом, используемым для лечения иммунодефицита, зидовудином и анти-депресссантом флувоксамином. А также замечено развитие очагового облысения при уменьшении количества цинка и меди в составе волос. 
Сезонные изменения - довольно много людей с очаговым облысением отмечает усиление выпадения волос в зависимости от времени года. Некоторые люди отмечают увеличение и временность выпадения волос в зимний период и частичное отрастание волос летом.